吳思華今年1月在全國大學校長會議上，正式報告「新世代高教藍圖計畫」，目標至少有5所達國際辦學標準的卓越大學，至少有50個獲國際認可的特色大學、學院或專業領域，並建立50個研究基地、完成50所大學合併或轉型，每年培育800名學術菁英、500產學菁英，讓弱勢就學無負擔等。
這項計畫整合了現行邁向頂尖大學、教學卓越、典範科技大學等計畫，將國內大專分成5大類，設定不同的指標作評比，讓各校自行選擇。
由於牽涉台灣高教未來發展及上千億的預算分配，民主進步黨主張暫緩推動，等新政府5月20日上任後，再行檢討和規劃。民進黨立院黨團則建議先編列1年的過渡預算，延續之前的邁頂等計畫，避免空窗期。
對此，日前教育部次長陳德華表示，會在5月前持續溝通，爭取立法院和社會大眾的支持，等新政府核定後才會公告。