由於近年來大學招生受到少子化影響，教育部力推大學整併，也要求台南藝術大學與成功大學組成「併校工作小組」，引起南藝大師生強烈反彈，今（7）日下午將北上向教育部抗議。教育部長吳思華今受訪時表示，大學整併是教育部長期持續推動的政策，「一定會讓兩校整併是1+1大於2」，他也呼籲南藝大在受到少子化衝擊時，可以提早思考未來的辦校發展。
吳思華提及，面臨少子化挑戰，南藝大目前在學生人數和校務評鑑上都遇到困難，應提早思考未來的辦校方向。若能與成大合併，將得到更多資源和支持，而非削弱。
南藝大則認為，作為北部以外唯一一所專業藝術大學，在南北文化平衡及整體文化藝術產業發展，扮演極其重要的角色。但教育部卻突然在2016總統大選前三日，命令南藝大於三日內設立「併校窗口」，不僅無視3年前南藝大於校務會議所作成之「無合併意願」決議，更忽視當今校內師生、藝術文化圈普遍的強烈反對意見。