衛福部長蔣丙煌7日到立法院衛環委員會報告流感疫情，立委砲聲隆隆，民進黨立委劉建國、時代力量立委洪慈庸等人質疑，衛福部低估疫情，沒有成立中央疫情指揮中心統籌防疫。
劉建國：『(原音) 你們絕對要負起相當的責任啦，台灣是一個先進的國家，一個流感可以死亡84個病例，今天CDC如果盡早提高防疫層級，擴大施打疫苗的年齡層，我跟你講今天災情不會這麼嚴重。』
洪慈庸：『(原音) 請問部長，針對這次的檢討，你們到底內部出現什麼障礙？』
蔣丙煌表示，衛福部內部溝通沒有問題，但他認為在資訊整合方面做得還不夠，若疾管署、醫事司、食藥署、健保署等單位能夠串接各自資訊，就能夠更有效整握疫情；他指出，希望能在自己卸任之前，完成資訊系統的建置。蔣丙煌：『(原音) 這個資訊系統上面可以提出一些警示，這樣子會幫助我們，對所有的、不只是防疫方面，只要是涉及到醫療方面我們都可以掌握，這個都在積極規畫當中，我是認為看起來整個檢討，我們資訊體系整合及介接做的不夠，這個需要檢討。』
疾管署長郭旭崧表示，針對流感疫情，疾管署每年都有擬定高峰作戰計畫，但流感與SARS(嚴重急性呼吸道症候群)、MERS(中東呼吸症候群)、茲卡病毒等新興傳染病不同，因此循例未成立中央指揮中心。
針對立委追問是否懲處相關人員，郭旭崧表示，已就流感處理自請處分；蔣丙煌則說，將待疫情告一段落後再做檢討。