立委黃國書指出，成功大學以理工見長，台南藝術大學則以藝術創作為發展方向，兩校追求的學術地位不同，教育部為何執意要兩校合併，並在今年1月中，發文給台南藝術大學要求3天後提供聯繫窗口，卻未先舉辦公聽會或聆聽學生的意見，他呼籲教育部暫緩相關合併計畫，不要讓大學整併成為打擊特色教育的兇手。
對此，教育部長吳思華表示，就台南藝術大學的學生人數及校務評鑑的情況來看，南藝大未來將面臨很大的招生困難，教育部希望學校能及早思考未來的方向，並將與成大的整併案作為選項之一，不過，他強調，教育部發文學校要求提供聯繫窗口，是希望兩校開始對話、討論，並非發文要求合併。吳思華：『(原音)其實我們也都非常理解，兩個學校它很多的屬性不同，這個就是要開始去對話，但是對話需要有一個窗口，沒有窗口怎麼去開始對話這件事情，這個是我們在行政上必須要做的一件事情。』
吳思華提到，大學整併是教育部長期推動的計畫，目前在教育部審議的合併案共有6件，很多案子已經推動十幾年，教育部將透過更多溝通與協調，讓想要整併的學校能夠1加1大於2，教育部才會讓合併案上路。