台北憲兵隊為了調查魏姓民眾在網路販售的疑似機密文件，相關做法遭外界質疑是違法搜索。為此，國防部臨時舉行記者會，說明案件處理過程，強調對魏姓民眾是依法執行無票搜索，且當事人不僅同意，態度也十分配合，全程都有錄影錄音，但因為全案已經進入司法程序，影音資料目前無法公開。
媒體質疑如果認為魏姓民眾有違法之虞，為何不聲請檢調介入處理？憲兵指揮部參謀長馮毅表示，國防單位並不了解魏姓民眾的背景及所掌握的相關資料，所以先以約談方式了解動機，審認相關資料後，才會判斷是否需要有進一步的法律行動，當下並沒有聲請檢調的必要。馮毅說：『(原音)其實我們很多重大案件都會聲請檢察官開立搜索票進行搜索，因為這案，我們還在初步了解，還不到強制手段，所以還沒跟檢察官聲請搜索票。』
由於事後國防部打算核發獎勵新台幣15,000給魏姓民眾，被外界質疑是封口費。對此，政戰局局長聞振國表示，這絕非封口費，而是為了了解相關文件來源、流向、數量的獎金，且最後並沒有核發這筆款項。聞振國說：『(原音)如果他願意配合，我們當會請他簽切結書也提供這15,000的獎金，這是為了達到溯源目的，但是魏民沒有接受這樣的協調，這獎金沒有發放。我再次澄清這不是封口費，這是為了瞭解整個文件來源、數量跟流向。』
媒體也質疑憲兵的調查程序疑似是「釣魚」行為，國防部解釋，法律上認為「釣魚」是陷害教唆，但憲兵隊是藉魏姓民眾販售商品方式邀約見面，兩者並不相同。