經濟部水利署表示，流域綜合治理計畫102年12月20日奉行政院核定，而流域綜合治理特別條例則是於103年1月14日經立法院3讀通過。
其中，第一期(103至104年)、第二期(105至106年)預算分別於103年6月18日、104年12月2日奉總統令公布實施，範圍包括35條縣管河川、256個縣管區域排水系統，辦理治理規劃、治理工程、應急工程及非工程措施等。
水利署指出，這項計畫自103年起分3期共6年實施，行政院投入660億元經費辦理，由經濟部、農委會及內政部共同執行，其中水利署執行約420億元，截至目前為止，已核定河川、區域排水治理及應急工程579件，並完工約169件，改善淹水面積約78平方公里，其餘工程由各河川局及縣市政府依預定期程執行中。
水利署預計，待108年整體計畫完成後，可望降低約320平方公里高淹水潛勢地區水患，且保護約120萬人免於溢洪危害。