民進黨總統當選人蔡英文確定於520上任後繼續兼任民進黨主席，不過，蔡英文於2009年時曾批評國民黨占有立院四分之三多數，馬英九總統兼任國民黨主席形同總統結合行政、立法權，憲政體制已喪失制衡機制。如今民進黨成為國會最大黨，蔡英文宣示「總統兼任黨主席」形同打臉自己。
對此，蔡英文3日於新竹進行產業參訪受訪時表示，她說過的話，當然自己要承擔；但她之所以會做出「總統兼任黨主席」的決定，是為了適應民進黨首度國會過半的政治情勢，將來中央與地方、行政與立法間的關係必須強而有力整合，展現溝通效率。她也強調，即便如此，未來也不會有黨意凌駕民意的問題。蔡英文說：『(原音)現在看起來最適合做整合的人，大概就是總統兼主席這樣的安排。那我們會確保這樣的安排不會有黨意凌駕民意的這種情況，也不會有一人決策的情況，因為民進黨並沒有這個傳統，說是黨意凌駕民意的情況，我們也沒有以黨領政的這種傳統。』
蔡英文強調，民進黨也將修正黨章規定，未來行政部門政務官不再兼任黨職，執政時期的地方首長與立院黨團三長等具有民意基礎的公職人員也能成為中常委，讓中常會與中執會更具民意基礎，行政團隊也能夠有更大的空間。