行政院交接事務要項雖然暫緩，但仍按照時程準備交接事宜；行政院副院長杜紫軍3日表示，行政院已經準備好29個部會的交接作業摘要報告，包括法定預算書細項、業務說明、組織架構及人員編列和規劃中重大政策資料等。
杜紫軍表示，首批政權交接資料將於4日上午10點前送抵民進黨中央。杜紫軍說：『(原音)明天預計在10點鐘以前，我們會送到民進黨中央黨部，也跟對方所指定的交接窗口約好了，我們會派人送去，然後就請他們簽收。這是我們主動就院本部及28個部會所提供的一些資料，這資料裡面包括部會業務範圍、人員組織、預算執行情形，以及目前正在執行的重要政策。』
民進黨日前要求提供防汛、防疫、電力供應、組織改造、年金改革等相關議題資料；杜紫軍表示，目前民進黨已經提出10多項的特定議題資料，未來也會陸續提出要求，行政院也會盡快準備，透過窗口轉交給民進黨。他表示，未來也會針對部分主題安排座談會，民進黨會指定時間、地點、主持人和參與專家，行政部門也會視議題通知各部會派員參與座談，說明政策業務內容。
杜紫軍指出，民進黨必須有確切的交接窗口，才有辦法調閱機敏資料，否則將會觸犯國家機密保護法和檔案法，但行政院會在可及範圍內盡量提供所需資料予以說明。