因應流感疫情，台北市、高雄市、雲林縣等地方縣市政府之前自訂停課標準；根據國教署統計，全國幼兒園到高中職至2月27日止，共有50所學校、71班停課。
疾病管制署1日召開流感防治諮詢會議，討論是否統一訂定全國流感停課標準。疾管署副署長周志浩會後表示，這次流感疫情重症及死亡病例發生於50歲以上成人，並非學齡兒童，而且七成以上學童都打過流感疫苗，具有保護力，目前流感疫情也逐漸降溫，專家們認為，停課對於進一步緩解疫情並無顯著效果。周志浩：『(原音) 所以說，停課除非是它在上升的時候，或者是根本沒有保護力的時候，停課的意義就比較大一點，但我們現在的疫苗是有保護力，而且疫情是在下降當中。』
周志浩指出，部分研究也顯示小朋友停課可能到處趴趴走，停課後學童在社區及家庭接觸頻率提高，反而可能造成流感發生率上升27%，國際間也沒有流感停課標準，因此專家們一致認為無需訂定。周志浩：『(原音) 2009年國外也有報告出來，停課的時候小朋友不見得乖乖待在家裡面，有些會四處亂跑，去看電影等待在密閉的環境當中，對疫情未必有幫助，反而有可能會造成增加的現象。』
專家建議，疾管署持續加強高風險族群疫苗接種率，校園應落實咳嗽禮節、手部衛生防範流感；雖然不需訂停課標準，但每個地區有特殊考量的話可因地制宜。與會教育部代表也表示，各縣市學校可自行考量，如果認為有停課需求，可跟各地衛生單位討論，依法可彈性處理。