民進黨方面希望優先推動總統職務交接條例立法，認為行政院提出的交接實施要項並非最急迫事項；總統府方面也表示，行政院制定的交接實施要項暫緩。
不過，行政院副院長杜紫軍24日表示，政務很多是持續性辦理，例如世界衛生大會5月23日將召開大會，必須在3月底提出名單，以辦理報名、出國等手續，這件事情有急迫性，希望盡快進行討論。杜紫軍說：『(原音)譬如說5月23日將舉行的世界衛生大會，因為5月23日距離5月20日只有3天時間，加上路程，所以他們必須很快指派相關人員報名、出國手續，我們希望盡快在任內協助，所以有很多事情有連續性跟急迫性的問題，我們希望盡快進行交接事項討論，對大家未來事務都有幫助。』
杜紫軍表示，交接實施要項是針對深度交接的說明與作法，與交接條例立法是兩件事情。他表示，行政院尊重民進黨的看法，當民進黨方面認為適合時，行政院會立即啟動交接程序，協助民進黨接手政務。