為有效管理及維護臺南市海域漁民作業秩序，落實漁業資源永續利用，臺南市政府、海巡機關及當地漁民團體共同組成「臺南市漁業資源巡護小組」，積極掃蕩非法捕撈，最近已取締51件不法漁業案件，皆移送相關機關依法處分。
漁港所表示，南市現已公告實施對漁業資源具威脅性的燈火漁業、叉手網漁業、魩鱙漁業及籠具漁業之相關作業規範，並配合漁業法規規範採捕水產動植物不得以電、毒及炸方式及中央機關所頒布之禁止近岸拖網漁船漁業、全面禁止捕撈鯨鯊、鯊魚鰭不離身政策及鰻苗與蟳蟹漁撈作業管制措施，違反上述相關規定者，輕則依漁業法規定處新臺幣3萬元以上15萬元以下罰鍰，重則吊銷漁業執照及船員手冊，如違規電、毒及炸魚者，更可處1年以上5年以下有期徒刑。
漁港所指出，每年7~9月為南市外海浮筏式牡蠣養殖休養期，為考量漁民生計，同時避免漁業作業秩序糾紛，故准予該期間內5噸以下小型籠具漁業漁船進入距岸1.5浬內作業。然其他縣市大型籠具漁船常魚目混珠進入該區作業，並投放大量籠具，嚴重破壞南市鳳螺及其他漁業資源，其作業纜索可長達1000公尺，佔據適合進行漁撈作業之海域面積，影響南市仰賴其他漁業型態作業之漁民權益。因此「臺南市漁業資源巡護小組」於今年初打造完成公務巡查筏，將以本利器不定期出海巡查，取締遏止非法漁業行為。