根據政院的交接作業實施要項，行政院院本部和相關部會皆成立交接作業小組，由常任副首長擔任執行秘書，小組成員涵蓋業務、法制、人事、預算及計畫等單位主管。各部會交接小組依據「公務人員交代條例」、「公務人員任用法」、「預算法」及「檔案法」等相關法令規定辦理交接作業。
在交接準備期，政府部門將準備移交簡報資料，說明業務內容、組織架構、人員編制、預算編列和執行情，以及兩大類重大政策資料；分別是2008年5月20日迄今的重大政策10到30項，內容包含辦理重點、檢討缺失與後續建議，以及目前規劃的重大政策5到15項，內容包含願景目標、重點與辦理進度。
在交接前置期，由行政院院本部及相關部會分別安排交接會議，邀請移交方、接收方與會；交接會議上半日以座談方式進行，簡報時可向媒體公開，輔以網路直播，下半日由雙方進行閉門會議，商議後續交接重點與時程。
而在交接期，將按法令規定備齊移交資料並更新至最新進度，且視交接情形安排5月20日的正式交接事宜。
另外，針對涉及機密性的交接資料，應於閉門會議說明，機密性內容應依「國家機密保護法」及「檔案法」等規定，經原核定機關或上級機關授權或核准後，始得提供。閉門會議涉及機密性資料，應將資料註明機密等級、編號及會後收回等文字；在會議開始前告知應遵守「國家機密保護法」等相關規定，與會人員並應簽署「保密切結書」。