國教署呼籲學校務必全面清查學校建築物的受損情形，對有安全疑慮者，應通報主管機關勘查及進行安全鑑定作業，特別是安全堪慮的建物，應做好隔離措施及動線規劃，避免師生進入時發生危安事件；對於各校的災損情況，應儘速辦理會勘，瞭解實際需求，若超出地方政府教育局(處)的能力，可透過教育署向教育部及陳報行政院申請預算補助受災學校復原校園。
另外，為提升學生防災避難能力，國教署也要求各校於開學1個月內辦理師生「地震避難掩護演練」活動，以熟悉緊急應變程序，有效減低校園災害，維護校園安全。
對於因地震受傷住院而無法如期到校上課的學生，則比照「八仙塵爆事件」處理模式，於事後彈性補課；對於受創最嚴重的台南市所轄學生心理輔導工作，國教署也將持續推動「安心服務工作計畫」，整合轄屬學生輔導諮商中心及聯結社會資源，讓學生能夠安心就學。
國教署表示，截至15日上午最新統計，這次美濃地震造成39名學生死亡、7人受傷，共有481所學校在地震中受損，災損金額初估約新台幣2.73億。