總統聽取中央災害應變中心各部會報告後表示，這次救災中央與地方密切合作，未來的重建工作，雙方也會以最有效率與最彈性的方式處理。
總統表示，自己上任以來很重視各項安全，包括颱風的風災預防也有進步；但這次地震的災情慘重，顯示這方面仍有很大進步空間。因此他已經要求行政院提出建築物抗震補強計畫，一定要全面提升建築物的安全性，讓台灣更安全。總統：『(原音)我們不怕地震，只怕沒做好防震準備，我們一定要痛定思痛、全國動員、徹底防震、保護家園，盡速全面提升建築物安全性，才對得起這次往生的災民，唯有這樣才能讓台灣更安全。』
總統也代表政府與全體國人，向所有參與的救難人員和犧牲新年假期的各部會同仁，表達誠摯的感謝，也要向不幸去世的罹難者致哀。總統舉出不少救災期間的溫馨故事表示，這次地震讓災民感受到「我們都是台南人」；他並表示，面對未來重建工作，政府一定會全力協助，和大家一起共度難關。