這間官設媽祖廟又被稱為新祖宮，雖曾遭遇炮火摧殘，經重修後已大致恢復原貌，不過廟門前原本有塊下馬碑，被戰火破壞，已不復在。
鹿港鎮昔時因和大陸通商而繁榮一時，大陸各州都有人渡過黑水溝，來到鹿港經商，不僅讓鹿港成為重要的通商港口，也受到泉州信仰的影響，供奉媽祖，而位於鹿港中山路的鹿港天后宮因而香火鼎盛，信徒眾多，每天來到鹿港天后宮上香的信徒絡繹不絕。
不過很多外地來的遊客都不知道，其實鹿港鎮不只一間天后宮，除了中山路上的鹿港天后宮外，還有1間位於彰化縣鹿港鎮洛津裡埔頭街的天后宮，但為了作區別，民眾都把埔頭街的天后宮稱為「新祖官」。
新祖宮興建的時間比鹿港天后宮稍晚，不過鹿港天后宮是由民間集資興建，而新祖宮是由清乾隆帝頒官帑敕建 ，是全台少數由官方興建的廟宇，不過新祖宮在二次大戰時遭到空襲炮火破壞，廟宇受損嚴重，進行重修。
新祖宮特別之處在於廟門口有座下馬碑，文武官員來台就職前都需要來先朝拜天上聖母，在下馬碑前下轎`下馬，以示對媽祖的崇敬，不過原有的下馬碑已被破壞，現今看到的石碑已是後人所重設，但對媽祖的尊敬不減，而下馬碑也成為鹿港在地的特色景觀之一，鹿港八景中的「新宮讀碑」指的就是新祖宮的下馬碑。
除了下馬碑之外，新祖宮內供奉的媽祖神尊也有特別之處，新祖宮供奉的媽祖被稱為「軟身媽」，頭手頸雖然是木雕，不過身體卻是藤編的，手腳都可以轉動換穿衣服，而陪伴在媽祖兩旁的金將軍千里眼以及柳將軍順風耳，穿的是清朝正式的官方服裝，也因為是官廟，清朝時每個月都會有官員負責祭祀。
新祖宮名氣雖不如鹿港天后宮來得響亮，不過廟裡有4塊清朝時就留下來的碑石，為新祖宮見證歷史，證明新祖宮在鹿港小鎮也占有1席之地。