為因應高鐵無法在17時完成全線通車，台鐵局長周永暉下午2點半在臉書公布，為因應小年夜疏運所需，台鐵預定傍晚17點10分，再加開普悠瑪列車「全車自由席」，路線延長到屏東潮州，沿途停靠板橋、台中、新烏日、彰化、台南、高雄和屏東站。這是普悠瑪列車啟動以來，第一次由台北開往高雄，也是首次開出全車自由席，就像是高鐵假日加開的全車自由座列車。
行政院長張善政6日因為美濃強震，北南中全台跑。他一早先到中央災害應變中心，緊接著南下台南勘災，接著又返回中央應變中心，隨即又前往台北車站視察有關民眾返鄉的情況。張善政指出，目前台鐵和國道客運都已經增加能量，希望能順利將民眾運送返鄉，他也表示，天災難預料，若是站票，也請民眾多體諒。張善政說：『(原音)天災發生時間非常難預料，而且台鐵和高鐵能量原來就衝快滿了，現在額外再增加，能量也很有限，請民眾體諒，會有些站票，但是台鐵會在車站協調老弱婦孺有空位給他們坐。』
張善政也表示，台北車站有很多民眾趕著退高鐵票，他希望民眾不用心急，1年之內退票都可以受理，目前首要之務是趕快回到家鄉。
他也指出，由於今年農曆長假，小年夜和除夕都是假日，將民眾返鄉的時間拉開，6日國道南下不塞車，他也是搭公務車走國道南下高鐵烏日站視察。