馬英九總統6日上午搭乘空軍一號飛往台南了解災情。總統先到台南市災害應變中心聽取簡報，他特別關心國光五街大樓受困災民的情況。台南市政府表示，目前還有32位住戶狀況不明，有待釐清是否受困於大樓之中。
總統：『(原音) 最重要的就是國光五街大樓，現在能不能很精確的了解現在還沒有救出來的有多少人？因為戶籍是一回事。』
台南市秘書長陳美伶：『(原音) 我們去清查戶籍與救出來的，可能還有32個待查，後續把趕快連絡上，如果受困大概在哪個位置，如何去援救，這是目前最迫切的工作。』
為避免影響救災，總統並未前往災害現場，他在聽取完簡報之後，立即到台南成大醫院探視因地震受傷的民眾，並表示，政府會盡快發放相關慰助金。總統：『(原音)地方對於死亡失蹤的是補助20萬，中央補助也是20萬，如果再加上賑災基金會的40萬，一共會有80萬，至於說受重傷的話，總額是25萬。』
總統指出，現階段最重要的是搶救出受困民眾，政府也著手安置工作，軍方已經提供了4個地點，一共有1200個床位可以安置災民，他強調，中央和地方政府一定會盡全力協助受災民眾。