茲卡病毒來勢洶洶，台南市長賴清德4日在行政院會表示，茲卡病毒和登革熱都是透過蚊子傳播，有鑑於台南市去年登革熱疫情嚴重，他建議中央在南部成立國家級的登革熱或是茲卡病毒研究防治中心，一旦南部疫情防治展現成效，也對控制全台灣疫情有所幫助。賴清德說：『(原音)因此特別建請張院長還有內閣大力協助，用國家力量成立登革熱或茲卡病毒研究或防治中心，這樣才有辦法展現防治力量，不僅僅可以嘉惠南部民眾，也可以造福中北部民眾，因為只要南部防守得宜，不管是白線斑蚊或埃及斑蚊傳播的茲卡病毒，就不會在台灣蔓延開來。』
行政院長張善政在院會裁示衛福部盤點目前在南部的防疫資源，並朝台南市建議的方向研究。行政院發言人孫立群轉述說：『(原音)院長指出，有關茲卡病毒防疫，請衛福部盤點現有高雄醫學大學登革熱醫學中心相關資源，請鐘嘉德政委邀集衛福部、科技部及環保署研擬防範茲卡病毒整體策略。』
另外，台南市在日前的寒害中受損慘重，已有66戶農民領取寒害補助，賴清德也感謝行政院快速協助，展延申報期限和彈性認定請領資格，這些對受害養殖漁戶都非常有幫助。