新任行政院長張善政率副院長杜紫軍及所有閣員上午9時在總統府宣誓，9時40分在行政院舉行交接典禮，副總統吳敦義監交。
吳副總統致詞表示，1月16日國家舉行大選，人民做出新民意決定，在這樣關鍵時刻，不但要承先啟後，且要積極作為。政府依然要保有最積極、最體貼民意、為所當為的成績，還要順利達成過渡給新接任政府，為國家社會做出更大貢獻。
吳副總統表示，張善政的肩膀非常堅強，在他溫文儒雅的笑容背後，有非常堅定有為的毅力，確信他一定能達成任務。
毛治國致詞說，總統、副總統以及立法委員選舉後，1月18日行政院依照憲政慣例提出總辭。但這次因為適逢立法院第一次政黨輪替，所以總辭意義跟往年有重大不同，也就是應否由國會多數黨組閣，立即成為大家必須嚴肅面對的問題。
他表示，遺憾的是，雖經總統馬英九多方努力，但因為各種原因，依據責任政治精神的多數黨組閣，仍未能在這次重新組閣過程中實現。「不過，我們必須讓全體國民記得，多數黨組閣仍是我國憲政制度上尚未解決的一個重大議題，不應讓它成為每4年輪迴一次的不解難題，應該儘速謀求解決之道，否則絕對不利於國家長期的民主政治發展。」
毛治國表示，目前內閣仍須由新國會的少數黨，也就是中國國民黨組閣，而政黨輪替的過渡期又長達將近4個月，為了因應國內外嚴峻政經情勢的需要，馬總統必須有最大的空間去尋找可獲國會多數支持的新閣揆。
他表示，為了要用1個院長的辭職讓國人記得，國會多數黨組閣仍然是一個尚未解決、亟待解決的重大憲政問題；也為了便於總統重新任命可獲得新國會最大支持的閣揆適當人選，他向馬總統提出辭呈，也非常感謝馬總統的成全，同意他辭卸院長職務。
毛治國說，新任行政院長的張善政駕輕就熟、處事圓融、專業周延。八仙塵爆危機處理、登革熱疫情控制，他都舉重若輕，一一解決。開放資料政策小試牛刀，就讓台灣的世界排名，1年之內就從全球第11名變為第1名。他在副院長任內，主持行政院創新創業會報，統合各部會力量，在法令翻修、活絡創業投資、矽谷接軌等工作上，短短1年也都有看得到的明顯成績。所以，由張善政接掌行政院，他的表現可以高度期待。
毛治國表示，針對「為年輕人找出路、為老年人找依靠、為企業找機會，為弱勢族群提供有尊嚴地生存環境」的施政目標，非常感謝各部會在短短1年內就用心推出許多創新政策，除了前面提到的創新創業外，還包括提振經濟、長照服務、房地合一、前瞻減碳、智慧節電等，都獲得了一定的成果，也為國家發展的固本與轉型，打下一定的基礎。
他說，「不過，我個人的努力還不夠，所獲得的國會支持也不足。」在未來將近4個月的時間裡，馬總統選了一位更能為國會多數支持的張善政來帶領大家，只要國會能夠不分黨派全力支持，就能讓這個過渡內閣推動重要政務，發揮它最大的功能，並能與4個月後的內閣施政無縫接軌。相信這也是全民所期待的一種結果。
毛治國說，由於未來4個月行政院能否有效推動政務，完全決定於立法院的態度。因此，他要以卸任院長的身分誠摯呼籲，希望立法院各黨派能夠本著同舟一命、和衷共濟的精神，來全力支持與協助這個內閣，讓它能夠發揮最大的施政能量，因應國內外政經情勢的挑戰，順利完成過渡期的任務。
他說，未來這段期間，如果朝野之間能夠發展出有別於以往國會的新建設性互動模式，台灣就有機會重新變成國際華人社會的民主政治新標竿。最後，他再一次感謝全體內閣同仁們過去1年的努力，「我以曾經與大家共事是我一生最大的光榮。」