環保署已於104年11月24日公告修正「水污染防治措施及檢測申報管理辦法」，訂定畜牧糞尿厭氧發酵後作為農地肥分使用之專章，未來如為全量施灌，經農業主管機關審查同意，未排放至地面水體者，即不須再申請水污染防治措施計畫或水污染防治許可證(文件)。
畜牧糞尿經一定時間的厭氧，產生之沼氣、沼液及沼渣可直接作為有機肥分施灌農地，畜牧糞尿免依水污染防治法第11條規定繳交水污染防治費，也不必擔心放流水排放水體超標被處分；廢水處理設施則不須再經好氧曝氣程序，節省好氧曝氣處理的操作電費；畜牧場的沼氣利用或發電，更可進行碳權或綠電販售，增加營運收入，且畜牧糞尿回歸農地施灌，即可減少畜牧污染排入河川，降低河川污染程度，使河川環境回復清淨，提升民眾生活環境品質。
雲林縣環境保護局期望藉由推動「畜牧糞尿沼液沼渣作為農地肥分使用」並廣邀各畜牧業者加入將沼液沼渣作為農地肥分使用之行列，增進畜牧資源再利用，創造多元經濟效益，以達成「田肥水清」及環境永續之目標。
縣環保局局長林長造表示，105年將全力推行「畜牧糞尿沼液沼渣作為農地肥分使用」，並請轄內畜牧業者積極參與，對於法令相關規定及內容如有相關疑問請洽詢雲林縣環保局水質保護科，服務專線：05-5360724#255