2016總統及立委選舉，國民黨大敗，行政院長毛治國宣布請辭，強調不會接受慰留，不過民進黨立院黨團總召柯建銘17日指出，為了政局安定起見，馬總統應循憲政慣例，退回毛治國辭呈，由毛治國續任看守內閣閣揆，以平穩過度長達四個月的看守期。
柯建銘說，針對馬總統向新任總統當選人蔡英文，拋出由勝選之國會多數黨組閣之議題，他認爲馬總統此舉看似憲政讓步，但在實際運作上卻會造成憲政紊亂，不符合責任政治原理。
柯建銘強調，在過去民進黨政府執政期間，2008年1月12日舉行立法委員改選敗選後，張俊雄曾經於1月24日依照憲政慣例，向陳前總統提出內閣總辭（依大法官釋字第387號），陳總統於1月29日退回總辭案，理由是「維持政局安定」，避免於四個月之內大幅更動內閣兩次（五月份新任總統就職將組新閣）。馬總統應循此憲政慣例運作，以避免政局紊亂。