復旦大學台灣研究中心主任信強、華東師範大學兩岸交流與區域發展研究所副所長包承柯分別接受中央社記者採訪談選後的兩岸關係，不約而同提到幾個關鍵詞：「九二共識」、「台獨黨綱」和「南海」。
信強說，大陸當局對蔡英文執政的疑慮有幾點：一是民進黨有台獨黨綱；二是台灣各方面「去中國化」會變本加厲；三是台灣是否會加強與美、日在軍事領域上的合作，特別是會不會讓南海主權問題更加複雜。
信強表示，如果要大陸當局對蔡英文的兩岸政策有信心，蔡英文在勝選感言或就職演說中應當作政治表態，「哪怕不用『九二共識』這四個字，用其他的詞語來承認兩岸同屬一個中國也可以」。
包承柯說，蔡英文選後的使命應是推動台灣社會和解、兩岸和解，如果要向大陸表達善意，至少應凍結台獨黨綱，清楚表達未來4年不會以台獨作為發展目標，「大陸是會願意往前看的」。
包承柯認為，比較普遍的台獨意識導因於民國36年「二二八」事件，但是蔡英文應該要「走出歷史的悲哀」，走出這種歷史視角的局限性，面對崛起的中國大陸，重新審視台灣未來福祉所在，才是有時代感和發展性的回應。
包承柯說，大陸並不希望兩岸關係倒退，應該會透過親綠學者在內的不同管道，向蔡英文傳達陸方希望有的表態。
如果蔡英文在兩岸關係上無法對大陸釋出善意，包承柯說，兩岸經貿往來仍會繼續，台商應該也不會受到刁難，但是兩岸既有的協商機制和已簽訂的協議有可能受影響。
蔡英文選前曾訪問美國及日本，台灣加入跨太平洋夥伴協定（TPP）也需要大國支持。不過，信強認為，經濟合作有時和政治軍事很難完全脫鉤，陸方尤其希望新政府在東海與南海議題上不要做主權讓步。
包承柯也說，如果太平島變成美日的基地，使南海問題更加複雜，也會造成兩岸衝突。
信強說，大陸多數人對蔡英文執政下的兩岸關係是謹慎觀望。他認為，台灣社會的選舉壓力始終存在，加上民進黨內也有接班問題，蔡英文及民進黨在兩岸政策上能做的調整恐怕有限。