這次選舉因戰備留守而無法投票的人數約5000餘人，占國軍員額約2%，是歷年大選人數最少的一次，留值人員以未滿20歲和在籍人員為主；2012年總統及立委大選時約1萬3000人，占國軍員額約6%；2008年大選時約為1萬500人，占5%；2004年約5萬7000多人，約占17.8%。
國防部規畫自投票前一日（15日）下午5時，到投票隔天（17日）早上8時，國軍保持常態戒備，本、外（離）島部隊採建制輪休方式，按規定兵力擔任戰備任務，戰備執勤人數未增加，部隊均保持正常運作。
國防部指出，戰備部隊執勤人員均提前1個月，在104年12月15日前完成輪值規劃，並將戰備部隊輪值交接時間，調整於選舉當日中午12時實施，本島除海軍戰備偵巡艦於海上執勤，以及偏遠高山站臺等部分人員外，其餘人員均可分批返鄉投票。
而外離島地區官兵，按防區戰備規定執行各項戰備任務，在籍服役官兵均能輪流投票，非設籍人員按休假輪序安排返臺休假，以確保官兵權益。
國防部指出，休假人員經排定後不得任意更動，選舉當日人員異動，須經由編階少將以上主官核定，另不得限制官兵返鄉投票，及對排定休假人員施以罰勤、禁足之懲處。
休假規劃部分，國軍部隊依「國軍人員週休二日實施規定」及「金、馬防區休假規定」，配合經常戰備任務，採建制輪休方式，兼顧部隊戰備任務及官兵投票權益。非戰備部隊於規劃分批輪休期程時，應於選舉投票前（至少1日）實施，以免影響官兵返籍投票。