台灣即將舉行總統大選，陸委會副主委林祖嘉14日在例行記者會上表示，關於兩岸目前還在討論的一些協議，陸委會希望選後能夠繼續協商，但必須綜合馬英九總統與新總統當選人的意見之後再做評估。林祖嘉說：『(原音)因為到時候會有新的民意出來，會有新的國會，還會有新的總統當選人，所以我們當然也會必須要把他們的意見，還有最重要的還有馬總統的意見，把它綜合起來，然後做一些評估以後，最後再決定我們要怎麼推動。』
林祖嘉還指出，總統大選結果出爐之後，陸方可能也會想要了解情況，屆時若有需要，不排除啟動去年底才剛建置完成的兩岸事務首長熱線。
至於有中共解放軍退休將領日前撰文，表示「若蔡英文當選絕不姑息養奸」，文中還使用「絕不可低估大陸的統一意志」、「選擇戰爭」等詞彙。林祖嘉對此回應表示，中華民國是自由民主的國家，人民會有自己的想法，會充分自主做出最適當的抉擇，陸方這種說法對兩岸關係不會帶來正面好處，雙方應該彼此都尊重一點。
另一方面，關於藝人黃安指稱另一位藝人周子瑜是「台獨份子」一事，林祖嘉回應表示，文化藝術歸文化藝術、政治歸政治，兩者不應混為一談，希望大家彼此相互尊重。