兩岸事務首長熱線2015年12月30日開通，專供行政院大陸委員會主任委員與大陸國務院台灣事務辦公室主任聯繫，即時溝通兩岸之間重大、緊急議題。
林祖嘉下午在陸委會例行記者會後被問到，有無準備選舉日當天使用熱線和陸方溝通。他回答：「如果有需要的話，我們當然不排除。」
林祖嘉表示，畢竟台灣大選很重要，選後陸方也會想了解台灣局勢和兩岸關係未來走向，「我們也不排除這種（使用熱線溝通）可能」。
至於選後如何處理兩岸貨品貿易協議等後續協商議題，林祖嘉在記者會上說，兩岸持續協商的議題都很重要，陸委會希望選後以追求台灣人民利益為最大優先，持續和陸方協商和討論。
林祖嘉說，鑑於屆時會有新民意、新國會和新總統當選人，陸委會必須綜合前者和總統馬英九的意見，評估後再決定如何推動兩岸後續協商。