媒體報導，科技部委託台灣大學主持第一期「能源國家型計畫」，計畫辦公室前研究助理呂錫民涉嫌違反學術倫理，多次抄襲、冒用計畫相關研究成果，拼湊成論文向國際期刊投稿，涉假論文陸續遭國際期刊撤下，美國Retraction Watch（撤銷論文觀測站）更公開揭露此樁學術醜聞。
李嗣涔表示，2013年11月接獲該計畫行長陳發林報告，發現論文有不正常的情況，因此立即請律師來處理，而呂錫民也坦承抄襲，之後依程序解雇他；同時也主動向國外期刊聯繫，一一要求重新檢查涉抄襲的論文。
李嗣涔坦言，當時因計畫即將結束，辦公室正準備交接、結案報告、成果發表會等事宜，處於兵荒馬亂中，因此未向計畫主管機關科技部（當時為國科會）回報，對此疏忽和影響台灣學術聲譽「感到非常抱歉」。
繼前屏東教育大學副教授陳震遠論文假審查案後，台大也發生論文抄襲案，李嗣涔表示，希望學者寫論文時，一定要秉持學術倫理的精神；同時也建議要有防堵機制，如很多國際期刊都有回饋機制，會通知刊登論文上列的每位作者，是否有參與和同意這篇論文，避免不肖學者假借他人名義發表論文，讓無辜學者受到牽連。