台灣大學獸醫專業學院名譽教授賴秀穗6日投書平面媒體指出，2008年國民黨再度執政時，馬政府下令全部豬隻都要施打口蹄疫疫苗，「這針打下去，把過去8年的努力成果（全國已4/5豬隻不必打疫苗），全部付之一炬」。
農委會動植物防疫檢疫局局長張淑賢表示，2009年2月起，口蹄疫疫情陸續發生，顯示野外及豬群中仍潛藏病毒活動，豬產業界為防範大規模疫情再度爆發，並經產、官、學界會商後，決定自當年8月起推動口蹄疫疫苗注射措施，至今疫情獲得穩定控制，證明此項決定應屬正確。
她並說，台灣本島、澎湖縣及連江縣自2013年6月起，已2年餘未有口蹄疫案例，農委會已於2015年10月16日向世界動物衛生組織（OIE）申請認定前述地區為「施打疫苗之口蹄疫非疫區」，未來將持續結合產官學界力量，朝撲滅口蹄疫目標邁進。
賴秀穗還主張，「美國豬肉的進口，可以比照日韓的做法，同意含10ppb瘦肉精的美國豬肉進來，但需要標示」、「國內的養豬要不要使用瘦肉精，則由養豬業者決定」。
防檢局重申，聯合國食品法典委員會於2012年7月第35屆會議，投票通過瘦肉精萊克多巴胺在肉品中的殘留標準為10ppb。基於食安考量，以及確保養豬業生計，「牛豬分離政策不變」，禁止含瘦肉精萊劑的美國及其他國家豬肉輸入，且台灣養牛業及養豬業都禁用萊劑，僅符合國際萊劑殘留標準的牛肉可進口台灣。