台水公司強調，根據歷年來環保單位及台水公司團隊檢驗結果，自來水水質合格率達99.94%以上，自來水使用安全無虞，請民眾安心使用。
媒體報導，中正大學地球與環境科學系教授許昺慕在2012年秋季至2013年夏季，針對全台19座水庫的水源進行分析，發現水庫水源第四型阿米巴原蟲每季平均檢出率有39.5%，秋季的驗出率更高達63.2%，其中基隆新山、新竹寶山水庫一年四季中有三季檢出最為嚴重。
台水公司水質處長洪世政表示，阿米巴原蟲廣泛存在於水、土壤與空氣等各種自然環境中，而阿米巴蟲體大小約為10至60 μm（微米），在水中可以視為較大的生物顆粒，透過加藥混凝形成膠羽，因重量及體積變大可予以沉澱去除。
他說，若有遺漏的部分，淨水場後端的過濾程序設計可濾除大於0.5μm的顆粒，也會被完全去除。
洪世政指出，目前環保署監控的飲用水質生物性標準為總菌落數及大腸桿菌群，阿米巴原蟲並非檢測項目，以大腸桿菌群而言，其大小約為0.5至3 μm，也是透過淨水處理程序加藥混凝、沉澱、過濾及消毒來加以去除，而阿米巴原蟲是大腸桿菌群數十倍大，去除效果更佳。
另外，阿米巴原蟲對於熱的反應非常敏感，根據世界衛生組織(WHO)研究，阿米巴原蟲在溫度50度即失去活性，100度以上數秒內便能完全被殺死。
洪世政說，以目前台灣民眾的飲水習慣，通常先將水煮沸再飲用，更可有效防止阿米巴原蟲的危害。