農委會農糧署指出，水稻田一年約2期作，為活化休耕地，2013年起就已規定，1年內不得連續2期休耕；因此，若去（2015）年2期都休耕的農田，今年不得申報休耕，領休耕補助。
農糧署並說，但1年內不得連續2期休耕機制推動後發現，有的農田雖由農民申報第1期休耕，但另1期未報休耕，也沒實際耕作、收成，又想於新年度起的第1期再申報休耕領補助，今年起將行不通。
農糧署強調，因為審查作業將不只看申報文書作為依據，會搭配農委會的農田空照圖佐證，未真正耕作都視為休耕，呼籲農民別再以為只要口頭申報，就可以作為是否判斷農田休耕的根據，藉此製造灰色地帶，隔年再報休耕領取休耕補助。
此外，農糧署補充，推動休耕地活化是搭配轉作雜糧作物執行的，希望休耕的農田不再休耕，生產我國仰賴進口的雜糧，例如小麥、大豆及黑豆等，如此，政府仍有補助。
農糧署統計，2013年休耕地補助及轉作雜糧補助合計新台幣80億元左右，且兩者各占一半；對比此兩個政策推動之前的基期年2011年，休耕補助費達110億元，顯見政策推動效果明確；因此，農委會今年起要更嚴格審查休耕地申報真實度，以強化政策績效。