段宜康日前在社群網站臉書貼文表示，據中國媒體報導，2011年8月，中國國民黨總統候選人朱立倫岳父高育仁擔任董事長的二十一世紀基金會，與中國農業科學院、福建省農業科學院合資成立海峽現代農業研究院，有個重要任務是「引入台灣優良種子資源」。段宜康並指高育仁的兩岸農業生意，孫明賢是左右手。
二十一世紀基金會執行長孫明賢上午舉行記者會表示，兩岸農業交流始於1990年1月，前總統李登輝執政時期即啟動至今已25年，期間經過2次政黨輪替，而兩岸農業的交流與合作原本就不分黨派，政府也從未禁止兩岸農業交流合作。
孫明賢表示，台灣的農業發展，不應有黨派之分，民進黨如果不贊成兩岸的農業交流合作，請民進黨主席蔡英文正式宣布，未來將「禁止一切兩岸農業交流合作」，並納入競選政見。
他說，基金會自2009年起投入兩岸農業交流，搭建相關交流平台，一切活動都公開透明；主要的兩岸農業合作項目是與大陸浙江省、黑龍江省、科技部和農業部設立的民間協會簽署合作協議，共同推動兩岸的農業合作，以促進兩岸農業科研發展及合作，從未涉入任何兩岸農業的商業活動。
孫明賢表示，二十一世紀基金會並無農業技術與相關專利，何來違法輸出台灣農業技術及作物品種之論。
至於二十一世紀基金會與福建省農業科學院、中國農業科學院合作發起「海峽現代農業研究院」；他說，基金會僅擔任研究院規劃籌設的諮詢角色，在研究院籌設時期，提供諮詢服務而已。
二十一世紀基金會重申，並未出資成立「海峽現代農業研究院」，至於「海峽現代農業研究院」所設立的公司及其下屬子公司，與基金會毫無關係。
孫明賢表示，基金會從事兩岸農業交流，主要為協助台灣農民在大陸的農業發展，提供台灣農民輔導、諮詢服務，未曾從事任何農業的商業活動，或進行任何農業相關投資。
孫明賢指出，基金會於1988年成立至今，不論在營運管理各方面，都與政府、政黨無涉，所有政策主張都本於專業。民進黨特定的立法委員與民進黨團藉故重炒舊聞，純屬選戰譁眾取寵之舉，意圖擾亂選情。
他說，基金會已正式委託律師，對段宜康提出刑事告訴，日後如有任何人以訛傳訛、惡意散播或引述不實謠言，必依法追訴民、刑事法律責任。