針對有罪的判決結果，柯文昌感到憤慨與不平，他說，本案所涉及的綠點併購案，當時交易過程中，買賣雙方及花旗財務顧問之間，有將近5700餘封的相關電子郵件，檢察官取得後竟然沒有交給法院調查，以致法院在認定本案內線何時明確上及被告有無實際知悉等重要關鍵事實上發生誤判。
柯文昌表示，更離譜的是，起訴後就消失的5700餘封郵件，直到柯文昌向最高法院提起上訴時，台北地檢署才承認當時未移送給法院審理，至今仍下落不明。
他對此不斷在法院提出抗議，並相信法院能還他清白，但竟然還被判有罪，他完全不能接受。
柯文昌進一步表示，本案還有另一個重大爭議，就是法官認為併購在買方還沒有進行實地查核以前就可以成立內線交易，若照這種觀點，目前市場上各種併購討論進行的過程中，所以進行買賣的人都有可能犯罪，這與目前商業實務背道而馳，將使商業人士人人自危，也跟目前最高法院的看法不同。
柯文昌說，他一定會對所遭受的不公不義判決提起再審，並呼籲檢察總長能正視本案判決錯誤適用法律對國內產官學界的重大衝擊，能就本案提起非常上訴。