中央研究院「國家生技研究園區」工程延宕，馬英九總統日前視察訓斥長達10分鐘之久，被認為矛頭是指向先前督導該業務的前中研院副院長、民進黨副總統候選人陳建仁，總統還撂下重話：「一個研究機關，也應該重視行政管理。」
馬總統當時點名，要中研院長翁啟惠檢討。馬總統對於工程要拖到後年才能完工，沒人跟他報告，說他感到「很意外」、「震驚、失望」。
陳建仁17日出席公開行程時，不回應媒體詢問此事，但卻在公開發言中回擊，他批評「某政黨」633跳票變成142。
民進黨總統候選人蔡英文則認為，馬總統「搞錯方向」、「政府責任難免」 ；民進黨中央指稱馬總統沒把事情搞清楚，「震怒給媒體看」。
對此，總統府發言人陳以信嚴正駁斥。他指出，園區工程有無延宕是個「事實問題」，不是「方向問題」，蔡英文以為工程是因202兵工廠移交土地而延宕，是「只知其一、不知其二」。
陳以信說明，馬總統非常關心國家生技園區工程案，也得知該案衍生諸多問題不易解決，因此曾請總統府祕書長曾永權出面協商，好讓工程順利進行。原本國防部202廠預計在102年11月15日交付，但實際延至102年12月14日完成接管。暫置土方清除預計102年12月中旬完成，但實際延至103年3月30日完成。
陳以信表示，雖然在去年初時，確實因為土地移交問題造成4個多月的工程延宕，但在今（104）年3月27日送交院方備查的「趲趕計劃」中，工程進度已可順利追上，預計將在105年4月30日取得使用執照，並於105年10月正式完工。
陳以信說，尤其事實上，今年2-5月的實際施工進度，都還超過「趲趕計劃」中的預定進度，3月時的實際施工進度還超前將近3個百分點，顯示如期完工沒有問題。但自今年6月開始，工程進度開始停滯，7-12月的工程進度開始明顯落後，目前（12月中）應該完成進度為37%，但實際上卻只有17%，工程落後將近20百分點。因此馬總統日前接獲報告，始知悉該園區工程將延宕至後（106）年方能完工，當然會深感意外、震驚與失望。 陳以信強調，目前施工團隊刻正努力趕工，馬總統要求該園區趲趕工程必須如期如質完工，並要求中研院翁啟惠院長確實督導，絕不可再延後。但陳以信反批蔡英文，不該連基本事實都還沒搞清楚，就急著政治操作，甚至無端歸咎是政府責任，這樣才是耽誤了國家生技產業的未來發展。