毛揆表示，衛福部應積極進行登革熱國際防疫合作，並與科技部進一步研商，在防疫學術方面建立與國外對話的窗口，建立起台灣的一套模式；衛福部應以宏觀角度思考，針對生態防疫、流行病學研究，以及是否成立專責性機構等相關議題，持續深入研究。
關於成立「中央流行疫情指揮中心」，毛治國認為應該依照程序辦理，原則上權責仍屬於地方政府，中央政府是第二線協助。
衛福部表示，有關登革熱短、中、長程規劃，4項短程計劃包括成立500人病媒監測稽查大隊、推動「300里長動員計畫」、普及快速檢驗試劑運用，加速病例偵測及重症診斷、推動生態防蚊，減少噴藥；2項長程規劃包括成立「沃氏菌」(Wolbachia)感染埃及斑蚊技術研議小組，評估在台灣推展的可行性，並與國際合作，研發適合國內長者使用的疫苗。
環保署表示，未來執行策略及防治工作重點包括「平時預防」，以鄰里長、地方衛生、環保單位及衛福部、環保署三級複式動員檢查，並依據「廢棄物清理法」加強戶外孳生源稽查取締；「防止擴散」措施包括加強散發個案病例周邊50公尺孳生源清除工作，對登革熱病媒蚊及孑孓進行居家戶外緊急化學防治；「緊急防治」則以「仿福密歐戰法」研擬圍堵及切穿策略，訂定孳生源加強清除專案計畫，推動區塊防治。