中研院南部院區落在台南高鐵特定區，幕後推手之一民進黨副總統候選人陳建仁11日南下視察院區預定地。陳建仁表示，中研院南部院區分成三個主軸：綠能發展、農業發展及文化發展，會先成立生技育成中心，希望拉進農業生技的新創公司，未來轉成精緻農業的公司，也會招入更多的研究者，讓台灣的農業更好。
陳建仁致詞表示，他在2012年5月28日與翁啟惠院長到台南市政府拜訪市長，表達中央研究院有意成立南部院區，南部院區對中央研究院的發展很重要，因為中央研究院在台北已經飽和，更重要的是，要注重南北的平衡，如果南北不平衡，科技的發展也就缺一半。
在綠能發展上，因為現在的pm2.5很高，需要朝綠能發展，若台灣要進入非核家園，也一定要找到新的能源，也就是太陽能、風能、海洋能或地熱能等，在這個部分與幾大光電學院合作，在南部院區訓練研究生，將光電、綠能的科技研發做得更好。
陳建仁提到，民進黨總統候選人蔡英文提出的科技研發產業計畫，有一個新興綠能產業，就是要在沙崙成立研發中心，除了既有的交大、中央研究院的研發中心，也會跟南台灣的大學一起努力，將光電及綠能的發展做得更好。 至於農業發展方面，陳建仁說，雲林、嘉義、台南都是很重要的農業發展地區，而且也有很好的農業，他這兩天行程跑下來，發現台灣的精緻農業是一流的，若再加上農業生技的蓬勃發展，及加入中央研究院的能量，可以大幅提升台灣的農業，包括花卉、中草藥及主要的農作物，再搭配與科技大學的合作，讓農業生技的產品有更好的價值，讓農業可以得到很好的發展。
在文化發展方面，陳建仁表示，台南市是個古都，且文化發展相當不錯，這裡有很有名的西拉雅文化，他說，當年擔任國科會主委，在設立南部科學園區時，就挖到很重要的文化遺址，反映了將近四千年的台灣歷史，這是很重要的，他說，我們一定要努力保留台灣先人們的遺跡，帶動南部的文化創意產業。