依據經濟部智慧財產局資料顯示，臺、清、交、成四校專利總申請量四年降35%，而國立清華大學為四校中，唯一專利申請量成長之大學，且發明專利占95.5%以上，顯示清華研發創新的能力與專利布局的企圖心。清華大學研發長潘犀靈表示，依據智慧局調查結果，邁向頂尖大學計畫補助逐年降低，以及科技部將於明年刪減專利補助費用等政策因素，影響了專利案件申請數，是研發能量發展的一大隱憂，建議政府宜有對應措施。
近5年來，臺灣大專院校專利申請件數先升後降，102年達到高峰4,817件，惟於103年即降至4,275件，年減11.3%，104年累積到第3季件數也較上年同期下降10.0%。為瞭解學校申請件數下降原因，智慧局自今年7月起，陸續拜訪6所申請件數減少的學校，歸納受訪意見有：邁向頂尖大學計畫補助經費逐年刪減，壓縮校方補助每位老師的專利申請費用，因而須提高老師之負擔比例，影響其提案意願；典範科大計畫的關鍵績效指標 ( Key Performance Indicator, KPI)，轉為注重專利技轉績效；科技部將於明年刪減專利補助費用，補助比率由80%降為60%，預期將嚴重衝擊大專院校專利申請件數，實為研發能量發展的一大隱憂。
進一步分析臺、清、交、成四校100-103年的專利申請量，由100年的721件，降至103年的485件，平均每年降幅約為12%。104年四校的專利申請量仍持續下滑約10%。由此可知政府補助專利申請經費的短促，對四校專利申請的影響遠大於大專院校的整體表現。
在經費如此拮据的狀況下，清華大學仍重視研發成果之專利布局，鼓勵校內教授與研究人員申請專利，將豐沛的研發能量朝向專利授權與技術移轉之目標邁進。依100年至103年之專利統計資料，清華大學為四校中唯一專利申請量維持正向成長，且發明專利占95.5%以上；全球學術機構獲美國專利數的排名，由2012年的79件成長至2014年的114件，名列世界百大第11名，顯示清華大學研發創新的能力與專利布局的企圖心。另一方面，今 (104) 年清華的技轉金額超過1億元，其中包含的技術與專利以過去5-10年累積的研發成果為主。
潘犀靈表示，學校一貫注重基礎與創新學術研究，將之演化並商業化需要時間的醞釀及等待市場的機會。若因眼前的經費不足，忽略了專利的申請與布局，對未來創新產業的發展，必有相當程度的影響。清華為維持優質足量的專利布局，對專利申請秉持「質量並重」的態度，除每月定期檢視專利申請與獲證數外，更重視專利品質，在技術提案申請專利的過程中進行把關，除評估技術原創性外，更著重於技術未來商業運用的可行性以及技轉潛力，期待藉由完善的專利布局，厚植本校專利智財基礎。
潘犀靈指出，倘若校務基金無法負擔龐大的專利費用，將可能侷限未來專利佈局的完整性，這也是國內各大學面臨的困境，期盼政府單位能持續支持與挹注專利費用，提高補助比例，並研擬措施鼓勵學校智財發展。對此，智慧局亦將協調政府相關部門，共同研商配套措施，清華大學也有高度意願配合智慧局向政府單位報告說明，使專利朝質量均優的目標發展，協助企業技術精進與升級。