文化部表示，經調查周邊海域水下文化資產豐富，無專法可遵循，不僅會造成中華民國水下文資流失，且如外國團體在中華民國海域內任意打撈水下文資也無法規範。水下文資保存法正式施行後，將成為保護水下文資主要依據。
另外，院會也通過附帶決議，水下文化資產的保存推動，涉及多項國家安全及國際合作事務，要求文化部1個月內就相關問題的因應策略，會同外交部、國防部及陸委會，向立法院教育及文化委員會提出書面報告。
三讀通過條文內容包括水下文資的保護與管理、權利歸屬、所涉海域範圍的處理、在罰則上可處5年以下有期徒刑，或新台幣20萬元以上1000萬元以下罰金及其他相關規定。
文化部表示，聯合國教科文組織2001年通過「水下文化遺產保護公約」，2009年1月生效，水下文資保存已成為國際趨勢。2006年起委託中央研究院在澎湖等海域調查，截至今年6月，經水下驗證發現具體目標物共79處，其中已辨識確認為沉船等目標物者有15處。
三讀通過條文明定，水下文化資產管理保護及違法事項的處理，主管機關得請求海岸巡防機關協助。
條文規定，對於水下文化資產的保存、修復、保護、管理、人才培育及教育宣導工作有貢獻，或經核准進行各類水下資產活動著有績效者，主管機關得給予獎勵或補助。
中國國民黨籍立委陳碧涵在法案完成三讀後發言表示，文化資產保存法的通過，是歷史的第一步。國民黨籍立委邱文彥也說，這表徵尊重聯合國公約的精神，擔負台灣保護水下資產的責任，未來希望籌建水下文化資產保存機構，並建立水下博物館，使台灣展現保護人類資產的亮麗成果。