外交部表示，蕭萬長在會談時強調，我國將台日關係定位為「特別夥伴關係」，雙方近年來締結許多協定，獲致良好具體進展。我方感謝安倍晉三的友好支持，盼未來能參與「跨太平洋夥伴協定」（TPP）第二輪談判，以深化台日雙邊及多邊經貿合作關係。
外交部指出，我方於會談時也說明7日在新加坡舉行的兩岸領導人會面情形，蕭萬長表示，「馬習會」（總統馬英九與中國大陸領導人習近平會面）的主要意義在於兩岸關係的和平發展對鞏固區域穩定與安全具有貢獻。
外交部表示，蕭萬長另就日本食品安全進口管制議題指出，目前雙方已就確保食品安全管制等議題加強合作，未來將共同合作，以確保我國食品安全及日本食品合理出口至我國。