「台菲促進漁業事務執法合作協定」規範雙方進行漁業執法時，應避免使用暴力或不必要武力，同時雙方應建立執法合作機制、緊急通報系統及迅速釋放程序，對海上作業漁民有利，符合過去幾次漁業會談的共識。
漁業署表示，協定也規範雙方應相互諮詢促進協定的最大效益，包括漁業活動管理與養護計畫漁業合作的臨時安排；協定同時規範雙方應成立一技術工作小組，透過工作小組進一步討論雙方合作計畫及執行協定所述合作領域的方法。
漁業署說，雙方於協定簽署後即依據協定召開第一次工作小組會議，就「執法行動通報機制」及「專屬經濟海域（EEZ）緊急通報及迅速釋放程序」等共識，包括1小時通報機制、3日內迅速釋放機制，透過相互換函程序確認採納，並納入協定規範。
不過，雙方對在菲國主張鄰接區（菲國領海基線向外12至24浬）執法事務的爭議，尚未達成共識，漁業署將依據聯合國海洋法公約（UNCLOS）及相關國際法的規定與精神，持續與菲方諮商雙方海域相關安排，確保雙方漁業權益。
漁業署指出，台菲相鄰靠近，雙方交流歷史長久，無論政府及人民間均已建立長久友誼。回顧過去諮商過程，雙方均展現最大誠意，此刻完成協定簽署，除更進一步鞏固台菲雙方友好關係外，更奠立雙方進一步展開漁業事務合作基礎，未來雙方將在此良好基礎逐步推動如水產飼料投資等漁業事務合作。
漁業署表示，台菲相鄰，各自主張的專屬經濟水域重疊，但重疊水域並不包括雙方各自島嶼12浬範圍內領海，政府秉持「護漁不護短」原則，請台灣漁民切勿進入菲國領海作業，對違規越界捕魚的船隻，漁業署也將依法處罰，請漁民應確實遵守作業規範。1041119