台南區農改場指出，紅龍果病害除病毒病之外，主要以炭疽病、莖潰瘍病等真菌性病害最為嚴重；危害枝條果實造成斑點、腐爛、樹勢衰弱，病原菌多於雨季傳播感染，並可能影響果實外觀及品質，降低商品價值。蟲害則以介殼蟲、蛾類幼蟲及果實蠅為主。
台南區農改場指出，近期幾個紅龍果產區發現果實於綠果時表皮提早轉色，切開後發現果皮增厚、維管束褐化的現象。經鑑定為細菌性病害，相關生態資料雖還在研究中，但經觀察病株發現，推測病原菌可能有機會隨種苗傳播。農民若發現類似病果應小心鑑別，避免於病株取苗，以減少病害蔓延機會。
台南區農改場指出，秋冬季節報到，農民若在果實採收完畢、進行冬季整枝修剪時，應盡可能將感染病蟲害的枝條剪除並移出果園，徹底清園後再視需要進行藥劑防治；可有效降低果園內病蟲源的密度，對於明年的病蟲害防治工作將有很大助益。