2013年5月發生廣大興案，台灣漁民遭到菲國海巡人員槍殺，台菲歷經3次談判，在去年完成「台菲漁業事務執法合作協定」，卻遲未簽署。可能台菲決定暫時擱置漁區、漁權、執法範圍等歧見，簽署協定內容僅出現已經在執行的三原則，包括發生爭議案件，快速通知我方；不使用武力；透過雙邊窗口快速處理，釋放漁業人員。據了解，「馬習會」舉行後，菲方深怕台灣與中國在南海議題聯手，最快台菲雙方會在本周五、亞太經濟合作會議（APEC）領袖會議結束後，宣布這項重大消息。 　　據指出，菲律賓多次批評中國在南海填海造陸，中國頻頻動作讓菲國備感壓力，加上「馬習會」舉行，菲方深怕台灣與中國在南海議題聯手，原本對台菲漁業協定以拖待變的態度轉變，菲方因此退讓妥協，但對雙方歧見仍有所堅持，先就雙方達成共識、已經在執行部分先行簽署，之後再來討論爭議項目。 　　據了解，台菲雙邊對歧異部分保持「暫時維持現狀」，我方主張漁民只要不駛入菲國12海里領海，便可以到12到24海里鄰接區海域從事漁業捕撈，我方海巡署與國軍持續護漁；菲方則堅持鄰接區不可捕魚，並可登船檢驗。