馬總統晚間於總統府召開國安高層會議，針對法國巴黎恐怖攻擊事件研議情事發展與政府因應作為；包括行政院長毛治國、國安會秘書長高華柱、內政部長陳威仁、國防部長高廣圻、外交部長林永樂與國安局長楊國強都出席。
馬總統於會中要求政府相關單位立即啟動反恐應變機制，責成國安局與行政院國土安全辦公室、內政部移民署與警政署、國防部、外交部等單位，密切注意相關安全動態，全面強化安全維護工作，尤其針對二合一大選或各項國際會展或國內大型集會活動特別加強注意，務必強化國人對國家安全的信心。
具體做法上，政府將立即強化預警情報的蒐集與研判，加強情報協調的國際合作，強化國內關鍵基礎設施的安全維護，強化入出境旅客安全查察工作，國防部所屬反恐部隊也將全面加強戒備。
總統府指出，馬總統於事件發生後，立即嚴正譴責暴力，並指示外交部向法國政府與人民，表達中華民國政府與人民的誠摯哀悼與慰問。
總統府說，馬總統並責成外交部立即啟動緊急應變機制，駐法國代表處成立緊急應變小組，即刻聯繫目前滯法旅行團（約百餘人）、留學生（約750人）、台商與僑胞（約1700人）等，確認目前暫無國人傷亡情事發生，並即時提供旅法國人必要協助。
總統府指出，外交部並即時更新旅遊警訊，提升赴巴黎地區旅遊警示燈號，希望國人前往當地能隨時注意自身安全。