流域綜合治理計畫第2期特別預算案是依據「流域綜合治理特別條例」編列，計畫總經費上限新台幣660億元，預計6年內分3期辦理，立法院院會下午三讀通過中央政府流域綜合治理計畫第2期特別預算案，105年度140億9880萬元、106年度157億2400萬元。
融資財源調度部分，立法院會三讀通過，歲入歲出差短尚須融資調度數，以舉債債務支應，原列100億元分配在105年度，隨同預算審查結果，減列3020萬元，改列99億6980萬元分配於105年度，全數以舉借債務支應，不受公共債務法有關每年舉借額度上限的限制。