由於國民黨不分區立委名單排序問題，外界認為黨主席朱立倫與立法院長王金平之間已有心結，朱王的緊張關係成為政壇焦點。
根據媒體報導，有挺王人士指出，朱立倫對外「尊王」，私下卻完全沒有與王金平討論如何分工輔選，王金平被朱立倫欺騙。對此，王金平3日受訪時重申自己的態度，表示一切都順其自然。媒體追問朱立倫是否展現誠意？王金平則說他不想再談這個問題。王金平：『(原音)我現在也沒有辦法再談這問題，我不想再談這問題。(記者：院長，你會覺得難過嗎？)怎麼會難過？大家就是要再更努力做團結工作，讓黨各方面選舉更為進步。』
至於有藍營高層反嗆王金平宣稱「自己是忠貞黨員、對輔選義不容辭」都是喊假的，王金平則強調自己隨時都在輔選，他原本想與朱立倫見面討論，卻沒有被安排。王金平說：『(原音)修改辦法(不分區提名辦法)之後，原來有意要去跟中常會還有主席道謝，那時應該也可以一起談談輔選計畫，但是那天沒有被安排，所以我就沒有去。』
媒體也關注朱立倫在「換柱」過程中是否曾向他明確表態「柱下朱上」？王金平則說他不宜談論這方面的議題。