據了解，玉山銀行與支付寶合作談了一年多，這個服務屬於玉山銀兩岸支付通業務，服務將於12月正式上線，年底前全台將有超過3000家實體商店支援支付寶掃碼付功能，以便利超商為最大宗，除了超商，知名伴手禮，百貨商場與夜市等商家也在名單內。
支付寶是第一家獲得台灣政府核准的與銀行業者合作，推出「掃碼付」服務的第三方支付業者，陸客使用此服務完全免費，而玉山銀行將和商家收取交易手續費，但會比中國銀聯的手續費還低，商家不用擔心匯差風險，商家收取新台幣，玉山銀行與支付寶解決匯差問題，最後在陸客支付寶錢包內扣除人民幣。
除了支付寶，玉山銀行也和騰訊洽談微信錢包合作可能，但目前仍以支付寶為主。玉山銀行在電子商務支付業務佈局積極，是台灣第一家取得兼營電子支付機構許可的金融機構外，又搶得先機與支付寶合作跨境業務的銀行。
目前金管會核准的業務有包含跨境網路實質交易價金匯入的代理收付款項服務(兩岸支付通)、跨境網路實質交易價金匯出代理收付款項服務(跨境買淘寶)提領境外機構支付帳戶餘額的代理收付款項服務(PayPal玉山全球通)及跨境實體通路實質交易價金匯入的代理收付款項服務(跨境O2O業務)。