吳副總統辦公室說，試想，如果國民黨籍行政院副院長核閱過此一由國發基金投資2000萬美元予宇昌公司，該副院長甫卸任即去擔任該接受國發基金投資的宇昌公司董事長，又找政府主辦機關負責人到家中去洽談政府另再投資10億元台幣（後經核定投資8.75億元）給宇昌公司，難道社會或民進黨可以接受嗎？
民主進步黨主席暨總統參選人蔡英文多年前為宇昌案向前經建會主委劉憶如等人求償，台北地方法院27日判決劉憶如應賠償新台幣200萬元，全案可上訴。
吳副總統辦公室下午發布新聞稿指出，宇昌案的曝光，並非吳敦義院長的舉發，而是報端刊載，立法院經濟委員會作成決議要求行政院，將當年蔡英文副院長所核，列為「極機密」的「宇昌案」註銷「極機密」，當時吳敦義院長是依立法院決議的要求，辦理「宇昌案」註銷「極機密」，成為一般性公文，可知該案並非吳敦義院長所拋出。
吳副總統辦公室說，吳副總統從98年9月10日擔任行政院長到101年2月6日，2年半期間，核定「生物科技產業起飛方案」，使政府大力扶植生技產業，去年台灣生技產業營業額達2886億元，比起2007年的1912億元，大約成長51%，可見馬政府重視生技產業之一斑。
此外，新聞稿指出，蔡英文曾向台北地方法院檢察署提告吳副總統與劉憶如涉誹謗罪，意圖使人不當選，經台北地檢署於102年3月11日裁定認為：被告等所辯，均非全然無稽，應堪採信，因而對該案不起訴。
新聞稿指出，之後蔡英文向台灣高等法院檢察署聲請再議，又經高檢署於102年4月23日裁定：本件「原檢察官為不起訴處分，經核并無不合，聲請人仍執前詞聲請再議，經審核後，認為應予駁回」。
吳副總統辦公室表示，蔡英文在二度敗訴確定後，改向台北地方法院提出民事訴訟，但查蔡英文於民國100年至101年1月14日總統副總統選舉投票日之前，吳敦義早已經由競選總部洽定拜訪台中市議員賴義煌，其時間確定在蔡英文要求拜訪賴義煌之前，但蔡英文竟誣指是受到政府國安單位監控，吳敦義才會臨時插隊在蔡英文之前拜訪賴義煌，此一不實的言辭，也經吳副總統向台北地方法院提起民事訴訟，正由法院審理中，尚未判決。
新聞稿說，蔡英文告吳敦義及吳敦義告蔡英文兩件民事訴訟案，正審理中，經蔡英文委任律師洽吳敦義方律師，是否雙方可以考量停止該互告的二案，於是於104年9月15日合意停止兩案的訴訟。