在上屆總統大選引發軒然大波的「宇昌案」，被視為是當時蔡英文落選關鍵之一。蔡英文27日在臉書上表示，生技產業原本是台灣極有優勢的未來產業，國民黨卻為了一已之私，以不實的資料來抹黑在野黨候選人，國民黨應該向這些蒙受污衊的科學家道歉，為傷害台灣的民主、傷害了生技產業的發展，向人民道歉。
民進黨於27日上午公布了「亞太生技醫藥研發產業中心」政策，記者會後台北地方法院宣布宇昌案判決，前經建會主委劉憶如需賠償200萬元。蔡英文認為，「也許是遲來的正義，但是我心中並沒有任何的欣慰」。
蔡英文指出，選舉是一時的，但台灣的民主和產業發展是長久的，生技產業原本是台灣極有優勢的未來產業，「國民黨卻為了一已之私，為了一時的選舉利益，動用國家機器和行政資源，以不實的資料來抹黑在野黨候選人」，對台灣的生技產業造成了莫大的傷害，更斲傷了民主選舉的價值。
蔡英文認為，宇昌案受害最深的，不是她個人，而是生技產業的發展，還有民主的價值。當年許多國際知名的科學家，更因此承受莫名的指控和污衊，令人痛心。
蔡英文指出，宇昌案是總統大選中最惡質的負面教材，她個人並不期待國民黨的道歉，但是，國民黨應該向這些蒙受污衊的科學家道歉，為傷害台灣的民主、傷害了生技產業的發展，向人民道歉。