國民黨17日臨全會確定「換柱」，改徵召黨主席朱立倫代表國民黨參選總統，外界質疑馬英九總統在背後下指導棋。對此，馬總統日前接受「ETtoday東森新聞雲」專訪時予以澄清。總統說：『(原音)這實在是誇張了我的能力，因為我從去年辭掉黨主席後，黨的事務就比較少接觸，除非跟政府有直接關係的關鍵政策，否則這類純黨務的工作大部分我都沒有參與。』
總統也指出，他過去多次私下提醒洪秀柱針對兩岸政策的發言，「換柱」之所以成了事實，可能就是因為洪秀柱的兩岸政策問題，無法成為國民黨的強項，以及國民黨立委們的選情堪憂，因此朱立倫以拜訪大老的名義找他報告「換柱」的決定時，他也承諾支持黨的構想。總統也表示，他並沒有提供選戰建議給朱立倫，但政策上需要幫忙的部分他會「全力配合」。
另外，總統大選進入倒數階段，總統表示，他期望下一任領導人需維持不同利益之間的平衡，這是總統最重要的任務，身為國家領導者，必須要有足夠的高度、包容把這個問題解決。而針對國家認同問題，總統說，反對黨的黨主席這次出席了國慶典禮，雖然國歌沒有唱全，不過至少還願意開口，「他已經很感動了」！