海管處指出，東沙環礁位於南海的北端，接近珊瑚多樣性的分布熱點「珊瑚大三角」（The Coral Triangle），是南海種原中心往北擴散的中繼點，許多生物都在此匯聚繁殖，海洋生物多樣性非常豐富。
海管處說，珊瑚適宜生長在23至28℃水質溫暖清澈且陽光充足的海域，全球珊瑚主要分布在南北緯30度間的熱帶至亞熱帶海域，東沙環礁正位於此地帶。
珊瑚聚結的空間結構提供生物繁衍生存的棲所，再加上緊密的食物鏈，因此成為地球上生產力及生物多樣性最高的生態系之一。
海管處解釋，東沙環礁近岸密植的海草床提供環礁生物生育成長的良好環境，當進入東沙島外圍較深水域，一片片如葉片般的棘孔珊瑚鋪滿整個海床，色澤繽紛、形態各異的珊瑚錯落穿插交織成一座海底森林，不同物種的水中生物則在其庇護下悠游生活著。
從民國96年成立以來海管處就派員駐島，執行東沙環礁國家公園經營管理、生態復育、調查及協助研究計畫的進行。
103年成立東沙海洋研究中心後，中外學者藉此平台共同參與現地研究調查工作，由熟知東沙海象狀況及水域地形的駐島船長，駕駛研究船承載駐島及研究單位人員進行海域探測及研究工作，揭開東沙環礁海域神秘面紗。
為使東沙環礁國家公園能成為海洋保育及環境教育的最佳場所，海管處設立的東沙管理站，除積極推動辦理東沙環礁國家公園的資源復育與監測工作，並定期將這些研究情形拍攝記錄製成生態影片。
海管處強調，潛水員也會身著浮力裝備、鉛塊、背負氣瓶並攜帶調查用具，在有限的時間內，進行探測作業並在塊礁週邊放置各項監測儀器定期更換並讀取記錄。1041023