醫療機構雖屬勞基法適用對象，但醫院內只有醫師不適用勞基法，過勞事件層出不窮。媒體20日報導，住院醫師適用勞動基準法三階段時間表出爐，預估住院醫師8年後、約2023年適用勞基法。
不過，勞動部回應表示，這是衛福部單方面提出，目前兩部未達成共識，勞動部期盼在補足人力缺口的前提下，儘早讓醫師的權益受到保障，但時程不能用「喊價」的方式決定。勞動部勞動條件及就業平等司長謝倩蒨說：『(原音)我們並沒有確定說是什麼時候開始適用勞動基準法，這部分必需要持續跟衛福部、相關單位、相關機關團體溝通。』
勞動部表示，住院醫師納勞基法是勞動部的目標，但有許多細節還有待討論，例如若實施後，醫師人力夠不夠、夜間門診還要不要、會不會影響病人就醫權益、遇到突發狀況時該如何因應，這些都非常複雜，還有待各相關單位開會討論。