北市府和遠雄就大巨蛋案鬥法，台北市政府5月指遠雄「輕忽市民安危」，認定施工不符核定的工程圖說，宣布勒令大巨蛋停工，要求遠雄立即提改善措施。
遠雄集團向監察院陳情，就大巨蛋工程延宕部分質疑柯文哲行政濫權。另外在今年7月初時，遠雄已向台北地方法院遞狀提起刑事自訴，控告柯文哲加重誹謗、公然侮辱罪。
遠雄表示，8月17日遠雄大巨蛋公司向監察院陳情，並附上厚厚兩大本陳情書和補充資料，指柯文哲利用職務上的機會加損害於他人，請監察院彈劾糾正。
遠雄陳述的事證包括柯文哲利用職務上的機會宣稱台北市建設有5大弊案，甚至成立廉政委員會，破壞司法體制；假公安之名威嚇人生命財產安全，所提出的7原則全非法令規範。
陳述事證還有柯文哲違反行政程序法，經查過去有16件建築涉及主結構變更，遭市府罰款新台幣9000元，但大巨蛋的79項違規並未比涉及主結構變更嚴重，卻遭停工處分；5月20日當天，市府16時30分要求大巨蛋改善公安，20時宣布停工，改善時間3個半小時，明顯不足；大巨蛋週遭移樹以及與國父紀念館之間的80公尺通廊應由市府施做，但卻推給遠雄大巨蛋，明顯該做為而不做為等。